综合保税区税收优惠只适用于增值税、消费税、关税。没有所得税减免优惠。

流转税主要有三类税收优惠。

优惠政策一：区外货物运往区内视同出口，可享受出口优惠。对保税区运往区外的货物，视同进口，海关依据货物的实际状态，按照有关政策规定对视同进口货物办理进口报关以及征税、免税，或保税等验放手续。对区外企业运入区内的货物视同出口，由海关办理出口报关手续；签发出口货物报关单（出口退税专用）。“区外企业”是指具有进出口经营权的企业。

优惠政策二：区外销售给区内的货物可凭相关手续办理出口退税。区外企业销售给区内加工企业并运入区内供区内加工企业使用的国产设备、原材料、零部件、元器件、包装物料，以及建造基础设施、加工企业和行政管理部门生产、办公用房的基建物资（包括水、电、气），区外企业可凭海关签发的出口货物报关单（出口退税专用）和出口退税凭证，向税务机关申报办理退（免）税。区外企业销售给区内物流企业并运入区内供物流企业使用的国产机器、装卸设备、管理设备、检验检测设备、包装物料，区外企业凭出口发票等按照有关规定申报办理退（免）税。

优惠政策三：区内之间货物流转免征流转税。对区内企业在区内加工、生产的货物，凡属于货物直接出口和销售给区内企业的，免征增值税、消费税。即对区内各物流中心与出口加工区、区港联动之间的货物交易、流转，免征流通环节的增值税、消费税。

一、保税区内运至区外。（视同进口，正常办理）

对出口加工区运往区外的货物，海关按照对进口货物的有关规定办理进口报关手续，并对报关的货物征收增值税、消费税。（国税发〔2000〕155号）

二、区外运往保税区。（视同出口，正常办理）

出口企业出口货物或视同出口货物，实行增值税退（免）税政策，视同出口货物包括“出口企业经海关报关进入国家批准的出口加工区、保税物流园区、保税港区、综合保税区、珠澳跨境工业区（珠海园区）、中哈霍尔果斯国际边境合作中心（中方配套区域）、保税物流中心（B型）（以下统称特殊区域）并销售给特殊区域内单位或境外单位、个人的货物”、“出口企业或其他单位销售给特殊区域内生产企业生产耗用且不向海关报关而输入特殊区域的水（包括蒸汽）、电力、燃气（以下称输入特殊区域的水电气）”。（财税[2012]39号第一条）

出口加工区外供水、供电、供气企业销售并输入给区内生产企业的水、电、气，可凭当地国家税务局签发的区内企业退税登记证（复印件）向区内企业开具增值税专用发票。京国税发〔2002〕299号。

但下列项目例外：不适用增值税退（免）税和免税政策，按下列规定及视同内销货物征税的其他规定征收增值税（以下称增值税征税）： 

1、出口企业出口或视同出口财政部和国家税务总局根据国务院决定明确的取消出口退（免）税的货物。

2、出口企业或其他单位销售给特殊区域内的生活消费用品和交通运输工具。（财税[2012]39号第一条）

三、保税区间及向境外出口（增值税、消费税免税）

增值税：特殊区域内的企业出口的特殊区域内的货物、特殊区域内的企业为境外的单位或个人提供加工修理修配劳务、同一特殊区域不同特殊区域内的企业之间销售特殊区域内的货物实行免征增值税（以下称增值税免税）政策（财税[2012]39号第6条）

消费税：出口企业出口或视同出口适用增值税退（免）税的货物，免征消费税，如果属于购进出口的货物，退还前一环节对其已征的消费税。出口企业出口或视同出口适用增值税免税政策的货物，免征消费税，但不退还其以前环节已征的消费税。（财税[2012]39号第8条）

四、其他相关事宜

已经批准并核定“四至范围”的出口加工区，其区内加工企业和行政管理部门从区外购进基建物资时，需向当地税务部门和海关申请。在审核额度内购进的基建物资，可在海关对出口加工区进行正式验收。监管后，凭出口货物报关单（出口退税专用）向当地税务部门申请办理退（免）税手续。国税发〔2000〕155号

五、关税（境外与保税区间免征关税）

除法律、行政法规另有规定外，下列货物从境外进入保税港区，海关免征进口关税和进口环节海关代征税：

（一）区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资；

（二）区内企业生产所需的机器、设备、模具及其维修用零配件；

（三）区内企业和行政管理机构自用合理数量的办公用品。

从境外进入保税港区，供区内企业和行政管理机构自用的交通运输工具、生活消费用品，按进口货物的有关规定办理报关手续，海关按照有关规定征收进口关税和进口环节海关代征税。

从保税港区运往境外的货物免征出口关税，但法律、行政法规另有规定的除外。保税港区与境外之间进出的货物，不实行进出口配额、许可证件管理，但法律、行政法规和规章另有规定的除外。对于同一配额、许可证件项下的货物，海关在进区环节已经验核配额、许可证件的，在出境环节不再要求企业出具配额、许可证件原件。